大家在阅读高分文献时，是不是会经常发现像下面这些让人过目不忘的蛋白质结构图。

像这样的：

这些图都是可以用PyMOL这个软件做出来的，那么什么是PyMOL呢？软件以Py＋MOL命名：“Py”表示它是由一种计算机语言Python所衍生出来的，“MOL”表示它是用于显示分子（英文为molecule）结构的软件。它是一个开放源码，由Warren Lyford DeLano编写，并且由DeLano Scientific LLC将它商业化。

01

界面介绍

大家打开PyMOL后，会看到下图所示的界面

这个界面分为2个窗口，上面的我们叫它外部GUI窗口（External GUI）下面的部分我们称之为Viewer窗口。Viewer窗口又分为左右两块，左边用来显示结构图像（viewer），右边则是一个内部GUI窗口（Internal GUI）。Viewer自身包含了一个命令行（我们可以看到左下角的PyMOL＞提示符），可以用来输入PyMOL命令；在Internal GUI的右上角我们可以看到五个用不同颜色区分开来的按键，A、S、H、L、C分别表示Action、Show、Hide、Label、Color五个单词。对应的含义我会在后续的实例中演示给大家。

02  基本操作

蛋白文件的基本格式是PDB，以1kim这个胸腺嘧啶核苷酸激酶的结构为例和大家讲解一下pdb文件是怎样显示的。加载这个文件有三种方法：在External GUI中选择File ＞ Open，或者使用命令行：load

得到下面这个图像：

这样的图像并不能清楚地显示蛋白质的二级结构，我们可以通过以下的路径让它显示得更清楚一些。点击S＞as＞cartoon，整个蛋白就以α螺旋和β折叠的形式显示出来但是全部都是绿色。

此时会感觉依然并没有清晰地分开，我们可以通过下面路径进行颜色上的区分，点击C＞by ss＞ Helix Sheet Loop，这样就可以对不同的二级结构进行着色。（SS即secondary structure）

大家在文献里看到的蛋白结构的背景色一般都是白色的，但是PyMOL默认的背景色是黑色的，我们怎么把背景色调整为白色呢？大家可以试着如下图一样操作，在External GUI的上半部分窗口菜单内点击Display＞ Background＞ White，得到以下图像。

可能会发现形成的图像锯齿严重，那么怎么改变这个现象呢？我们可以试着利用PyMOL自带的美化程序，对图像进行渲染。如下图操作，点击右上角Draw／Ray，选择Ray，对图片进行渲染，并可以对图像分辨率直接进行调整得到美化后的图像（背景透明，可以直接导入PS对图像进行进一步编辑）。

如果电脑的配置不够，我们还可以选择占用系统资源少，速度更快的Draw，得到下图。

在调整完毕后，可以直接进行保存图像，一般保存两种形式，一种是PNG的图片形式，一种是原有的PyMOL格式，以后可以在此基础上再进行修改。